Согласно письму ГНА от 20.03.09 г. № 2456/6/15-0916, при проведении дноуглубительных работ нарушаются недра, т.е. осуществляется пользование недрами.

Объектом взимания платежа является объем (количество) погашенных или добытых полезных ископаемых (песка и гравия), определяемый плательщиком по соответствующей инструкции, утвержденной Минприроды. 

Стоимость добытых полезных ископаемых рассчитывается плательщиком для каждого участка недр по большей из таких величин: 

— по фактическим ценам реализации добытых полезных ископаемых;
— по расчетной стоимости добытых полезных ископаемых. 

Также с пользователей недр взимаются отчисления за геолого-разведочные работы, выполненные за счет госбюджета. Недропользователи, выполняющие геолого-разведочные работы частично за счет собственных денежных средств, уплачивают сбор за геолого-разведочные работы с учетом понижающих коэффициентов (п. 4 пост КМ от 29.01.99 № 115). Основанием для применения таких коэффициентов является справка Минприроды. 

Для получения такой справки недропользователь подает в Государственный информационный геологический фонд заверенные копии документов, подтверждающие небюджетное финансирование выполненных геолого-разведочных работ. Копия такой справки подается недропользователем в орган ГНА и учитывается при расчете сбора за геолого-разведочные работы начиная с того квартала, в котором она была подана.