Евгений Наумович Водовозов родился 27 ноября 1973 г. в Харькове.
В 1996 году окончил Харьковскую государственную академию технологии и организации питания (специальность — менеджмент в непроизводственной сфере). В 2001-м окончил Харьковский государственный технологический университет радиоэлектроники (специальность — информационные системы в менеджменте). В 2004-м окончил аспирантуру ХНУРЭ (кафедра экономики и менеджмента). В 2007 году окончил магистратуру Харьковского регионального института государственного управления Национальной академии государственного управления при президенте Украины.
1997–1999 гг. — член бригады, инструктор по обучению ресторана «Макдональдс Юкрейн ЛТД».
В 2000 — кассир в Восточно-украинском энергетическом банке «Мегабанк» (Харьков).
В 2005 — 2006 гг. — директор ЗАО «Южспецстрой инженеринг».
С 31.08.2006 г. по 12.08.2010 г. — директор департамента транспорта и связи Харьковского горсовета.
С 12.08.2010 г. по март 2014 года — начальник Главного управления транспорта и связи (сейчас департамент транспортной инфраструктуры) Киевской горгосадминистрации.
С марта по декабрь 2014 года — директор департамента инновационного развития промышленности и транспортной инфраструктуры Харьковской облгосадминистрации.
С декабря 2014 года — советник харьковского городского головы по вопросам стратегического развития города.
С 25 февраля 2015 года — заместитель харьковского городского головы по вопросам инфраструктуры города.