28 февраля 2007 года Тимощук перешёл в "Зенит". В ноябре Анатолий завершил чемпионат с золотом.

Российская газета "Спорт экспресс" подводя итоги завершившегося футбольного чемпионата России назвала украинского полузащитника Анатолия Тимощука лучшим игроком российской Премьер-лиги в сезоне 2007 года.

Став чемпионом России в составе "Зенита" Анатолий Тимощук в третий раз в карьере был признан лучшим игроком сезона. В Украине Тимощука признавали лучшим в 2002 и 2006 годах, теперь игрок сборной Украины стал лучшим и в России. К трём золотым медалям чемпиона Украины Анатолий добавил золото российского чемпионата.

В национальном чемпионате за "Зенит" Анатолий Тимощук провёл 29 игр и забил 4 гола.