13 июля 2006 г., в день Собора Святых Апостолов, после завершения своего визита в Днепропетровск Святейший патриарх Филарет, как и было запланировано ранее, осуществил визит в Харьковскую епархию - впервые как предстоятель Киевского патриархата. Во время визита патриарха сопровождал епископ Харьковский и Богодуховский Лаврентий.

Визит начался с посещения Свято-Введенского храма в г. Мерефе (Харьковский район), где был отправлен молебен, состоялась встреча с духовенством и мирянами. Потом патриарх посетил место, где находилась построенная гетманом Иваном Сирком казацкая деревянная церковь. Местная община установила здесь крест, возле которого Святейший Владыка помолился и благословил восстановление храма.
Далее визит продолжился в Харькове. Патриарх посетил храмы святого Иоанна Богослова (ул. Котлова, 105а), где отправил молебен, и Вышгородской (Владимирской) иконы Божьей Матери (ул. Немышлянская, 70а), Харьковское епархиальное управление, встретился с духовенством и мирянами епархии.
Во время проповеди после молебна патриарх призвал духовенство и верных крепко держаться Киевского патриархата, так как это - настоящая Поместная Церковь украинского народа. «Не обращаете внимания на гонение со стороны Московского патриархата, которые вы переносите. Киевский патриархат в Харькове будет расти и крепнуть - к полной победе», - сказал патриарх Филарет.
Визит состоялся, несмотря на противодействие местной епархии Московского патриархата, органов власти Харькова, угроз со стороны руководителя «Единого Отечества» Каурова заблокировать все подъезды к городу. К кампании против патриарха подключили даже Пещанскую икону Божьей Матери, с которой фанатики ездили вокруг города с просьбой к Богородице «не допустить Филарета». Но Божья Мать не послушала их злочестивих просьб. Своим визитом патриарх подтвердил, что Киевский патриархат желает избегать конфронтации, не разжигать вражду, но и своими законными правами не поступится.