Абсолютное большинство жителей непризнанной Республики Приднестровье высказались за ее независимость и последующее присоединение к России. По результатам референдума 17 сентября 2006 г., за независимость Приднестровской Молдавской Республики (ПМР) и ее последующее свободное присоединение к Российской Федерации (РФ) высказались 97% граждан Приднестровья, принявших участие в голосовании.

Вместе с этим, по информации Центральной избирательной комиссии Приднестровья, против соединения с РФ проголосовали всего 2,3% избирателей. За отказ от курса на независимость Приднестровья и вхождение республики в состав Молдовы высказались только 3,4% граждан Приднестровья, против такой интеграции — 94,6% участников референдума. Не определились с выбором лишь 2% избирателей.
По официальным сообщениям Центризбиркома Приднестровья, в референдуме участвовали 78,6% граждан, то есть около 306 тыс. из 389 тыс. человек, имеющих право голоса.
В августе МИД Украины выступило с заявлением о непризнании результатов референдума в Приднестровье. Украина заявила, что не планирует направлять на референдум своих наблюдателей. Однако стало известно, что за волеизъявлением жителей Приднестровья наблюдала лидер ПСПУ Наталия Витренко. В целом мониторинг голосования осуществляли 130 международных наблюдателей из стран СНГ и Западной Европы.
На всенародный референдум непризнанной Республики Приднестровье были вынесены два вопроса. Первый из них касается поддержки населением курса на независимость Приднестровья и последующего свободного присоединения его к Российской Федерации, второй — возможности отказа от независимости ПМР и вхождения ее в состав Молдовы.
Тем временем Министерство иностранных дел и европейской интеграции (МИДЕИ) Молдовы заявило, что не признает результаты референдума, состоявшегося в воскресенье в Приднестровском регионе. Министр иностранных дел и европейской интеграции Молдовы Андрей Стратан назвал референдум «смирновским политическим фарсом» (Смирнов — президент ПМР). Такую же позицию ранее поддержал Европейский Союз и Совет Европы.
Молдовская и приднестровская стороны должны найти оптимальную форму взаимоотношений, которая позволила бы при этом сохранить территориальную целостность страны. Так прокомментировал политическую ситуацию в Молдове премьер-министр Украины Виктор Янукович. Хотя он считает, что сам референдум носил скорее консультативный характер. «Обостряет ли он конфликт? Скорее да, чем нет. И тут нужно говорить о скорейшем урегулировании», — заявил премьер.
Тирасполь провозгласил себя независимым 16 лет назад. В вопросе своей государственной идентификации он решил использовать прецедент Черногории, которая путем волеизъявления своего народа добилась независимости от Сербии. Некоторые политологи не исключают, что именно такой механизм утверждения суверенности будет задействован для Боснии и Герцеговины, а потом — Абхазии и Южной Осетии в Грузии.