Михаил Бородин, согласно указу президента Украины, стал председателем Апелляционного суда Харьковской области.

В 2003 году Леонид Кучма лишил Бородина должности заместителя председателя Апелляционного суда. Но в 2005 году столичный суд — впервые за годы независимости Украины — отменил президентское решение.
Карьерные неурядицы начались у Бородина в то время, когда он рассматривал дела, связанные с выборами в горсовет в первом избирательном округе Харькова. Прокуратура обвиняла Бородина сразу по пяти статьям Уголовного кодекса, в том числе ему вменялось превышение служебных полномочий и подлог документов.
Сам Бородин называл тогда действия прокуратуры «беспределом», а обвинения в свой адрес объяснял политикой.
Михаил Добкин, Дмитрий Святаш и Олег Каратуманов — на тот момент народные депутаты — обращались в Высший совет юстиции с просьбой освободить от должности судьи Михаила Бородина: за нарушения присяги, которые, по их мнению, допустил М. Бородин при рассмотрении дела о выборах с участием кандидатов в депутаты горсовета по первому округу Александра Давтяна и Андрея Гунченко.